A data da fundação do Museu remonta a 1978 e a ideia deve-se ao benemérito que doou a coleção original à Autarquia, sob a condição de se criar um Museu Municipal, que acolhesse, conservasse e valorizasse todo o espólio, que deveria designar-se “Biblioteca Museu Marquês de Pombal” e ser instalado no piso térreo do edifício dos Paços do Concelho, Antigo Convento de Santo António.
Atendendo ao desejo expresso pelo doador, o Museu abriu ao público, no edifício dos Paços do Concelho, no dia 8 de Maio de 1982, no âmbito das comemorações do Bicentenário da morte do estadista Sebastião José de Carvalho e Melo, 1º Conde de Oeiras (1759) e 1º Marquês de Pombal (1769). Abriu com a designação actual “Museu Marquês de Pombal”, significando uma justa homenagem ao eminente estadista, testemunho ímpar da Cultura portuguesa do século XVIII.
Tendo permanecido no Antigo Convento de Santo António foi transferido para a Cadeia Velha, na Praça Marquês de Pombal, em Julho de 2004, após obras de remodelação e adaptação do edifício que o transformaram num dos mais interessantes pólos culturais da região.